Az egyetemek privatizációja bár látszólag váratlanul érte a kormányt, az illetékes magyar miniszter sebtében igyekezett is nyilatkozatban reagálni és diszkriminatívnak nevezte az Európai Bizottság lépését. Ugyanakkor több jel utal arra, hogy a kormány már tudott arról, hogy az Európai Bizottságnak több problémát is lát az új rendszerben.
Egyrészt attól tart az EU, hogy nem lehet ellenőrizni és számonkérni, hogyan költik el az Uniós pénzt, másrészt elfogadhatatlannak tartják, hogy a kuratóriumok vezetői politikusként kinevezhetik és leválthatják az EU-s pályázatokat intéző hivatalnokokat, azaz úgy pályáznak, hogy közben a pályázatok elbírálóit is ők ellenőrzik. Ez utóbbi probléma vezetett a kutatói és hallgatói ösztöndíjak befagyasztásához.
Az úgynevezett modellváltó egyetemeket többek között azzal vették rá az átállásra, hogy lényegében azzal zsarolták őket, hogy csak akkor látnak pénzt, ha alapítványi formában működnek tovább. A „pénzesőt” pedig elsősorban az EU helyreállítási alapjához kötötték. Holott azzal, hogy ebből a forrásból a 21 frissen privatizált magyar egyetemet nem lehet támogatni már 2021 tavaszán tisztában volt a kormány.
