Az elmúlt években bevezetett jogszabályok ellenére az oktatásban a roma gyerekek szegregációja nem csökkent, sőt egyre több az olyan osztályterem, ahol csak szinte roma gyerekek tanulnak. Több településen is kialakult egy etnikai és nyelvi alapú autószegregáció, amely alapján elkülönülnek diákok. Ez az elkülönítés számos problémát vet fel, amellyel meg kell küzdenie szlovák társadalomnak.
Szlovákiában roma tanulók 65 százaléka olyan iskolát látogat, ahol a diáktársaik többsége is roma. Az EU felmérése szerint nálunk a legnagyobb mérvű a szegregáció, ami miatt az Európai Bizottság eljárást indít. A faji egyenlőségre vonatkozó európai uniós szabályok szigorúan tiltják az etnikai származáson alapuló megkülönböztetést az élet kulcsfontosságú területein, így az oktatásban is. Ezen kívül további problémaként merül fel az, hogy a roma gyerekeket enyhe értelmi fogyatékossággal élő tanulók számára fenntartott speciális iskolákba helyezik.
Az Amnesty International nemrég közölt adatai alapján 20 ezer szlovákiai roma tanuló nem részesül ugyanolyan minőségű oktatásban, mint a nem romák. Formális szempontból ugyanazok a keretek, de a minőségi oktatás nem jut el a roma tanulókig, amely azt eredményezi, hogy egyre kevesebb lehetőségük van a továbbtanulásra. Mindössze 10 és 16 százalék között van azon roma tanulók száma, akik eljutnak a középiskolai oktatásig. Ez az aluliskolázottság további problémákat okozhat, számos fejlődési lehetőség megrekedhet. Az állam ezt a problémát deszegregációs intézkedések bevezetésével orvosolhatja, amelyek megalapozott szakmai véleményen alapján kerülhetnek terítékre.