A Szlovák Köztársaság Nukleáris Szabályozó Hatósága rámutatott, hogy a megállapodás nem tesz egyértelmű említést a nukleáris vagy más radioaktív anyagokról. Emiatt a hatóság kéri az érvényben lévő nemzetközi egyezmények figyelembevételét a megállapodás tervezetében. Ezek ugyanis szabályozzák az említett anyagok behozatalát, valamint felhasználását.A Főügyészség álláspontja azt mutatja, ha Szlovákia az előterjesztett formájában köti meg a megállapodást, akkor az ország lemond bizonyos alkotmányos jogainak biztosításáról. Így a Főügyészség szerint a véleményezési eljárás végeztével a kormánynak, esetleg az elnökasszonynak élni kellene alkotmányos jogával, tehát felül kellene vizsgáltatnia a kétoldalú megállapodás tervezetét.
A közlekedési minisztériumot leginkább a közigazgatási költségvetésre gyakorolt negatív hatás foglalkoztatja. A pénzügyminisztérium azt kéri, egészítsék ki a megállapodást azzal, hogy a kétoldali megegyezés következtében létrejött kiadásokat a védelmi minisztérium előre elfogadott éves költségvetéséből finanszírozzák majd. A munkaügyi minisztérium a tervezet társadalomra gyakorolt hatásának átértékelését javasolja, a gazdasági minisztérium pedig egy konkrét határidőket és kritériumokat tartalmazó záradékkal bővítené a javaslatot. Az egyes minisztériumok mellett a Szlovák Nemzeti Banknak is voltak fenntartása a dokumentummal kapcsolatban. Elsősorban a szlovák változatban helyenként nem megfelelően használt szakterminusok jelenlétét rótták fel.
Az Egységesen a Békéért Polgári Társulás petíciót is indított a megállapodás megkötése ellen, amelyet több mint 20 000 ember támogatott. A társulás képviselői szerint a tervezet elletétben áll a Szlovák Köztársaság alkotmányával, valamint Szlovákia érdekeivel. A polgári társuláshoz hasonlóan vélekedik a parlamenten kívüli Republika mozgalom is, amely tagjai úgy látják, a dokumentumnak tartalmaznia kellene egy egyértelmű és visszavonhatatlan atomfegyver-tilalmat Szlovákia területén.
Robert Fico, az ellenzéki Smer-SD elnöke elsősorban arra emlékeztetett, a múltban már próbáltak létrehozni egy hasonló megállapodást. Az, hogy a megegyezés akkor nem jött létre, Fico szerint egyértelműen arról árulkodik, hogy a Smer-SD nem ért egyet az efféle törekvésekkel. Fico a szerződés jelenlegi formáját rendkívül előnytelennek tartja, amely szerinte sérti Szlovákia szuverenitását.
A Szlovák Köztársaság és az Amerikai Egyesült Államok kormánya között létrejött védelmi együttműködési megállapodás lehetővé tenné az Egyesült Államok fegyveres erői számára a konyhai és a szliácsi katonai repülőtér, valamint egyéb, a megállapodásban szereplő létesítmények használatát. Szlovákia ezeket bérleti díj kiszabása nélkül bocsátaná az Egyesült Államok rendelkezésére legalább 10 évre. A 10 év letelte után a megállapodás egy éves felmondási határidővel megszakítható. Amennyiben ez nem történik meg, a szerződés továbbra is érvényben marad.
